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Variants du Covid : danger, impact sur le vaccin, régions touchées… Ce que l’on sait

Variants du Covid : danger, impact sur le vaccin, régions touchées... Ce que l




SommaireVariant anglais du CovidVariant sud-africain du CovidVariant brésilien du CovidVariant californien du CovidVariant bavarois du CovidVariant, mutation ou nouvelle souche ?Variant plus contagieux ?Variant plus grave ?Variant du Covid chez les enfantsVariant du Covid en FranceVariant du Covid et masquesVariant résistant au vaccin ?Variant dit “anglais” du Covid, puis variant sud-africain, variant brésilien et, très récemment, variants californien et bavarois… De nombreuses mutations ont fait apparaitre, depuis la fin de l’année dernière, des nouvelles souches du coronavirus à travers le monde, au moins cinq plus ou moins clairement identifiées désormais. Toutes ont un point commun : une propagation visiblement très rapide dans les régions touchées avec parfois des conséquences sanitaires désastreuses. A la mi-janvier, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) réunissait en urgence son comité d’experts, deux semaines avant la date prévue, pour évoquer cette nouvelle menace. “Un débat urgent” qui a abouti à des recommandations.Face à ces variants du Covid, le comité d’urgence de l’OMS a ainsi appelé les gouvernements à étendre le séquençage du génome, tout en partageant plus largement les données pour une plus grande collaboration scientifique à l’échelle mondiale. Les experts ont également préconisé que les campagnes de vaccination soient en marche dans tous les pays du monde dans les 100 jours, tout en se disant opposés “pour le moment” à l’instauration de certificats de vaccination contre le Covid-19 comme condition des voyages internationaux.Mais comment ont émergé ces nouveaux variants du Covid ? A quoi correspondent ces mutations ? Ces nouvelles souches circulent-elles en France et avec quelle intensité ? Les vaccins, qui commencent seulement à se déployer à travers la planète, sont-ils efficaces face à ces virus mutants ? Voici les principales questions qui se posent sur ces variants et les réponses qu’on peut y apporter à ce stade.Que sait-on sur le variant anglais du coronavirus ?La stupeur a saisi le monde entier le samedi 19 décembre, quand les autorités britanniques ont décidé de reconfiner Londres et et le Sud-est du pays en urgence, avec déplacements interdits. En cause : la propagation d’une variante du Covid en Angleterre qui a d’emblée préoccupé les organismes scientifiques et sanitaires du pays. Les virologues britanniques ont rapidement estimé que cette mutation du virus, baptisée VOC-202012/01 (précédemment VUI-202012/01) ou plus simplement B.1.1.7, est apparue mi-septembre à Londres ou dans le Kent. Les premières estimations indiquaient que la mutation aurait été à l’origine de 62% des contaminations survenues à Londres en décembre et de 43% dans le sud-est, bien plus qu’à la mi-novembre (on parle désormais de 90% des cas positifs analysés). Cette mutation est qualifiée “d’anglaise” car elle a été identifiée sur le sol britannique, mais elle a pu avoir lieu dans un autre pays.L’émergence de cette nouvelle souche n’est pas encore expliquée. Selon les premières hypothèses, le variant VOC-202012/01 aurait pu naître chez un ou plusieurs patients immunodéprimés, autrement dit dont les défenses immunitaires sont insuffisantes. Chez certains de ces malades, le système immunitaire est assisté par une transfusion d’anticorps extraits chez des patients guéris. Dans le cas où le coronavirus provoquerait une infection longue, ce traitement peut provoquer des résistances et donc des variations du virus, notamment au niveau de son ARN. En novembre et décembre 2020, les revues scientifiques New England Journal of Medicine et Cell ont rapporté l’existence de deux patients, l’un atteint d’un syndrome des anticorps antiphospholipides et l’autre d’un cancer, infectés par le SARS-CoV-2 pendant une longue durée et traités par transfusion sanguine d’anticorps.Que sait-on du variant sud-africain du coronavirus ?Une autre variante très proche de la nouvelle souche anglaise, mais vraisemblablement sans rapport, a été observée à peu près au même moment en Afrique du Sud. Cette variante, baptisée quant à elle 501.V2, n’a d’abord été décrite que comme “une variante similaire” à la souche B.1.1.7 par le ministre de la Santé sud-africain Zwelini Mkhize, dans un communiqué cité par Le Point. Néanmoins, dès le mercredi 23 décembre, le Royaume-Uni a tiré la sonnette d’alarme. “Ce nouveau variant est hautement préoccupant, parce qu’il est plus contagieux et semble avoir muté davantage que le nouveau variant qui a été identifié au Royaume-Uni”, a ainsi annoncé le ministre de la Santé Matt Hancock. Des restrictions de voyages ont donc été “immédiatement” prises outre-Manche.Sur France Info le 13 janvier, Jean-François Delfraissy a indiqué que le variant sud-africain pourrait avoir suivi le même type de mutation que le variant britannique. “Il n’y a pas d’explication pour l’instant. L’une des hypothèses avancées est que l’Afrique du Sud est l’un des pays les plus touchés par le VIH, donc avec davantage de patients immunodéprimés”, a-t-il déclaré. Une hypothèse corroborée par les propos de Houriiyah Tegally à l’AFP le 12 janvier. Celle-ci est bio-informaticienne, membre de l’équipe de pointe qui a identifié le variant en Afrique-du-Sud : “La théorie la plus probable est qu’il soit venu de patients immunodéprimés, dont le système immunitaire a plus de mal à supprimer les infections”.Que sait-on du variant brésilien du coronavirus ?Alors que ces deux variants du coronavirus préoccupaient déjà les autorités sanitaires, une nouvelle souche du Covid a été rapportée au Japon le 11 janvier. C’est l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) qui a fait cette annonce, lors d’une conférence de presse, suivie par des déclarations des autorités de santé japonaises. On parle aussi d’un variant “brésilien” ou “Manaus”, puisqu’il a été détecté en premier lieu chez quatre voyageurs venus de l’Etat de l’Amazonas, au Brésil, selon le ministère de la Santé japonais. Les patients sont un homme d’une quarantaine d’années, une femme d’une trentaine d’années et deux adolescents. Trois d’entre eux présentaient des symptômes à différents degrés : maux de tête, fièvre et jusqu’à des difficultés respiratoires.Ce nouveau variant présenterait “des similitudes avec ceux identifiés au Royaume-Uni et en Afrique du Sud” en fin d’année, selon l’Institut national japonais des maladies infectieuses, repris par l’AFP. Mais plus de détails ont été apportés par une étude publiée dans le magazine Virological.org et co-signée par des chercheurs britanniques et brésiliens le 12 janvier. Le variant “Manaus”, du nom de la capitale de l’Amazonas, d’où il serait parti, présenterait “des taux d’attaque très élevés” avec 42% des tests positifs RT-PCR recueillis entre le 15 et le 23 décembre, soit une augmentation “soudaine” et “récente” écrivent les scientifiques, se traduisant par une “augmentation rapide du nombre de cas et d’hospitalisations”.Cette “nouvelle lignée, nommée P.1 (descendant de B.1.1.28)”, contient “une constellation” ou “un cocktail” de mutations “dont plusieurs mutations d’importance biologique”, indique encore l’étude, qui mentionne “une signature génétique unique”. Les scientifiques citent notamment “17 changements uniques d’acides aminés, 3 délétions et 4 mutations synonymes, ainsi qu’une insertion 4nt par rapport à la séquence non P.1”. Traduction : cette nouvelle souche a muté de manière très nette par rapport aux anciennes souches du Covid. Certaines de ces mutations sont similaires aux souches identifiées au Royaume-Uni et en Afrique du Sud (mutations N501Y, K417N/T, E484K), mais elles “semblent être apparues de manière totalement indépendante”. “Il est donc essentiel d’examiner rapidement s’il existe un taux accru de réinfection chez les personnes précédemment exposées”, écrivent les scientifiques laissant planer le doute sur les vaccins.Que sait-on sur le variant californien du coronavirus ?Un quatrième variant du Covid a été rapporté en Californie. Faisant l’objet d’un premier article alarmiste du New York Times mi-janvier, ce nouveau mutant, baptisé L452R, serait passé en quelques semaines de 3,8% des cas en décembre à 25% en janvier selon les échantillons séquencés. Ce variant, particulièrement actif dans le comté de Santa Clara, a aussi été rapproché de la flambée des cas qui frappe Los Angeles depuis les fêtes et a fortiori depuis le début de l’année. Le variant L425R “pourrait être hautement transmissible”, indiquent donc des experts dans le quotidien américain. “Il est trop tôt pour savoir si cette variante se répandra plus rapidement que les autres, mais elle renforce certainement la nécessité pour tous les Californiens de porter des masques et de réduire le mélange avec des personnes extérieures à leur foyer immédiat pour aider à ralentir la propagation du virus. Nous demandons également à toute personne ayant été exposée au virus de s’isoler des autres pour se protéger et protéger ses proches”, a déclaré le Dr Erica Pan, épidémiologiste d’Etat au sein du département de la santé publique de Californie (CDPH), dans un communiqué publié dès le 18 janvier.Si les informations sur ce nouveau variant sont encore parcellaire, elle s’avère “différente de la variante B.1.1.7 détectée pour la première fois au Royaume-Uni”, indique le même document du CDPH. Le variant L452R ne serait pourtant pas récent. Il aurait été détecté au Danemark dès le mois de mars 2020 et son premier cas en Californie apparu dès le mois de mai dernier. “Cette variante porte trois mutations, dont la L452R”, touchant la protéine Spike, “que le virus utilise pour s’attacher aux cellules et y pénétrer, et qui est la cible vaccins qui sont actuellement disponibles aux États-Unis”, a déclaré le Dr Chiu, virologue et professeur de médecine de laboratoire à l’Université de Californie San Francisco.Que sait-on sur le variant bavarois du coronavirus ?Le 18 janvier 2021, un nouveau variant a été rapporté dans le Land de Bavière, en Allemagne, où il aurait infecté au moins 35 personnes sur les 73 nouveaux cas enregistrés dans un hôpital de Garmisch-Partenkirchen. Des échantillons ont été envoyés à l’hôpital universitaire de la Charité à Berlin pour analyse. Mais selon des responsables locaux, cette variante du Covid serait bel et bien différente des variantes récemment découvertes au Royaume-Uni et en Afrique du Sud.Le directeur adjoint de l’hôpital de Garmisch-Partenkirchen, Clemens Stockklausner, a déclaré lors d’un point presse le 18 janvier qu’on ne savait pas encore si la mutation rendait le virus plus contagieux, comme ses “cousins” anglais ou sud-africain. “Pour l’instant, nous avons découvert une petite mutation ponctuelle… et il n’est absolument pas certains qu’elle aura des conséquences cliniques”, a-t-il ajouté, appelant à “attendre le séquençage complet”.Doit-on parler de variant, de nouvelle souche ou de mutation du Covid ?Faut-il parler de variant, de nouvelle souche ou de mutation du coronavirus qui sévit dans le monde depuis novembre 2019 ? Il faut d’abord savoir que le SARS-CoV-2 subit, depuis son émergence dans la région de Wuhan, en Chine, des mutations régulières, autrement dit des changements mineurs liés à des erreurs de réplication de brins d’ARN du virus (l’acide ribonucléique, constitutif de son génome) dans nos cellules. “Ces mutations peuvent n’avoir aucune conséquence, voire même avoir un effet négatif sur le virus. D’autres en revanche peuvent avoir un impact par exemple sur la transmissibilité du virus ou sur la gravité de la maladie”, indiquait l’Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm) dans un communiqué daté du 11 janvier. Ces variations sont communes à tous les virus, selon les spécialistes, et c’est le cas pour le Covid-19 qui aurait déjà connu 12 000 mutations. On parle de “variante” ou de “nouvelle souche”, quand une modification plus prononcée a eu lieu. Parmi elles, la variante D614G est devenue la forme dominante du virus en Europe à partir du mois de février 2020.Patrick Vallance, le conseiller scientifique du gouvernement britannique qui a le premier tiré la sonnette d’alarme fin 2020, a estimé que la nouvelle variante B.1.1.7, observée en Angleterre présentait par exemple 23 changements par rapport au virus dominant (le Conseil scientifique français en a évoqué 24 dans un avis rendu public le 29 décembre). Les premières analyses évoquaient quant à elles 17 mutations, ou altérations potentiellement importantes. Qu’il s’agisse de la souche britannique ou des autres, ces mutations sont en tout cas en nombre “inhabituellement grand”, beaucoup étant “associées aux changements dans la protéine que le virus fabrique” et “à la manière dont le virus se lie aux cellules ou les pénètre”, selon des propos rapportés par l’AFP. Il s’agit donc bien de mutations qui ont abouti à de nouvelles souches du virus.Les nouvelles souches du coronavirus sont-elles plus contagieuse ?Le principal motif d’inquiétude au sujet de la variante B.1.1.7 (“anglaise”) du coronavirus, mais aussi des variantes 501.V2 (“sud-africaine”), P.1 (brésilienne), L452R (californienne) ou bavaroise, est que celles-ci seraient plus contagieuses encore que la souche dominante à ce jour en Europe et dans le monde. Un premier rapport du Nervtag, le groupe chargé de conseiller le gouvernement britannique sur les virus respiratoires, laissait entendre dès la mi-décembre que la variante dite “anglaise” présentait “un avantage sélectif par rapport aux autres variantes” du virus et a connu une “croissance exponentielle pendant une période lors de laquelle des mesures nationales de verrouillage étaient en place”. Surtout, les mutations du coronavirus “portent principalement sur la protéine des Spikes (spicules)”, indiquait le rapport, autrement dit les pointes qui se trouvent à sa surface du coronavirus et lui permettent de s’attacher aux cellules pour les pénétrer, jouant donc un rôle clé dans l’infection virale.Une autre étude menée par plusieurs chercheurs britanniques et publiée sur le forum scientifique Virological.org, a elle aussi laissé entendre très rapidement que cette forme du Covid serait plus contagieuse. Il est question notamment d’une des mutations communes à au moins trois nouvelles souches, au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil : la mutation N501Y, liée justement aux Spikes du coronavirus. L’une des conclusions des chercheurs est que le coronavirus aurait subi “un nombre étonnamment élevé de modifications génétiques, notamment dans le domaine de la liaison aux récepteurs du virus dans le corps humain”.Jusqu’à 50 ou 70% plus contagieuseCe sont ces premiers éléments qui ont fait dire à Boris Johnson mi-décembre que la nouvelle mutation pouvait se transmettre “jusqu’à 70% plus facilement”, tandis que le ministre de la Santé, Matt Hancock, a évoqué avant les fêtes une variante “hors de contrôle”. Chris Whitty, directeur général de la santé d’Angleterre, a lui aussi fait part de son inquiétude, dans un communiqué publié le 19 décembre. Il a confirmé que “le groupe consultatif sur les menaces nouvelles et émergentes des virus respiratoires (Nervtag) considérait maintenant que cette nouvelle souche pouvait se propager plus rapidement que les autres variantes du virus”. “Il semble que ce virus [soit] largement plus infectieux que la souche précédente”, a abondé le Pr John Edmunds, de la London School of Hygiene & Tropical Medicine, le 21 décembre, sur Science Media Centre.Un rapport publié le 31 décembre par les chercheurs de l’Imperial College de Londres, qui ont analysé des milliers de génomes de virus du Sars-CoV-2 séquencés entre octobre et décembre, est venu confirmer que le variant anglais avait un “avantage important” en termes de contagiosité : 50 à 75% plus contagieux, ou un taux de reproduction du virus (R) entre 0,4 et 0,7 supérieur au virus habituel. Une étude britannique publiée le 4 janvier a elle aussi confirmé que cette forme mutante du virus serait plus rapide dans sa transmission. Une souche “50% à 74%” plus contagieuse résumait l’un des auteurs, Nick Davies, biologiste à la London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM).Les variants sud-africain et brésilien ont fait l’objet d’analyses similaires, notamment une étude sur le variant “Manaus” et publiée le 12 janvier dans Virological.org, qui suggère elle aussi une propagation accrue. Concernant le variant sud-africain, un panel d’experts locaux, cité par l’AFP le 19 janvier, est arrivé à des conclusions assez proches : le 510Y.V2 n’est pas plus mortel mais il serait 1,5 fois plus contagieux ont-ils conclu par le biais d’une série de données. Ce mutant serait donc “50% plus transmissible”, mais “rien n’indique que le nouveau variant est plus sévère”, a déclaré le professeur Salim Abdool Karim, épidémiologiste et coprésident du comité scientifique au ministère sud-africain de la santé.Des conclusions contradictoires sur la contagiositéMi-décembre, des experts américains avaient commenté les premières études sur la nouvelle souche du coronavirus avec un oeil plus mesuré, estimant qu’il n’y avait aucune preuve d’une contagiosité plus élevée. “Il n’y a pas de preuve tangible que ce virus soit effectivement plus contagieux”, mais “il y a des preuves claires qu’il est plus répandu dans la population”, avait fait savoir Moncef Slaoui, le conseiller principal du programme gouvernemental de vaccination, à l’occasion d’une conférence de presse à laquelle avait assisté l’AFP avant les fêtes.”Les éléments de preuve sont encore insuffisants pour permettre de se faire une opinion ferme sur la question de savoir si le virus a réellement augmenté la transmission”, a aussi déclaré le professeur Jonathan Ball, virologue à l’université de Nottingham, dans des propos repris par la BBC le même jour. Plus optimiste elle aussi au départ, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) avait rejeté avant Noël l’idée d’un variant “hors de contrôle”, en indiquant que les taux d’incidence du virus avaient pu être élevés lors de la première vague sans pour autant que la situation n’échappe au contrôle des autorités sanitaires.Interrogé sur le sujet en France, Jean-François Delfraissy, président du Conseil scientifique, a d’abord prôné la prudence, sans s’alarmer. “La crainte, c’est une véritable mutation de la protéine Spike, c’est-à-dire celle qui permet au virus de s’accrocher. Or, celle décrite par les Anglais porte sur cette protéine, et des données suggèrent que le virus serait plus infectieux. Cela demande à être confirmé. Je ne suis pas inquiet car nous avons déjà levé ce type d’alerte : rappelez-vous les récentes craintes sur les visons” disait-il au Parisien mi-décembre. Un jugement largement nuancé depuis, notamment dans une interview à France Info le 13 janvier, où il a fait part de son inquiétude sur la propagation du variant britannique dans l’Hexagone.Les symptômes des variants du Covid sont-ils plus graves ?Le ministre de la Santé britannique, premier à donner l’alerte, a bien précisé dès le 20 décembre 2020 que les travaux menés sur le variant anglais n’avaient pas pointé de symptômes plus graves. “Rien n’indique qu’il est plus mortel ou qu’il cause une forme plus sévère de la maladie”, avait également précisé le Premier ministre britannique Boris Johnson avant les fêtes. De son côté, le Nervtag, conseil consultatif britannique, avait estimé que les données disponibles étaient insuffisantes pour tirer une quelconque conclusion sur la gravité de la nouvelle souche, estimant que “4 décès sur environ 1 000 cas” avaient été identifiés, mais que d’autres travaux étaient “nécessaires pour comparer ce taux de mortalité avec des ensembles de données comparables”.D’après une étude publiée fin novembre dans la revue de référence Nature, des chercheurs rappelaient que “les mutations récurrentes actuellement en circulation semblent être neutres sur le plan de l’évolution et principalement induites par le système immunitaire humain, via l’édition de l’ARN”. Pour la souche trouvée dans le sud de l’Angleterre, les conclusions étaient les mêmes : “la variante est porteuse du N501Y, a priori sans mutation inquiétante”, expliquait François Balloux, directeur de l’Institut de génétique de l’University College London, le 20 décembre à l’AFP.Un virus plus contagieux tuerait finalement plusEn France, le virologue Bruno Lina, membre du Conseil scientifique, a estimé dès le 22 décembre sur RTL que “ce clone infectieux n'[était] pas plus pathogène” et “ne donn[ait] pas des infections plus grave” que les autres variantes. Le Conseil scientifique français publiait dans la foulée, le 29 décembre, un avis sur le “clone anglais ‘VUI-UK'”. “Les données actuelles fournies par les autorités britanniques rapportent une augmentation du risque de transmission […], mais aucune différence n’est notée à ce jour en termes de pathogénicité (manifestations cliniques, durée de la maladie) ou d’échappement à la réponse immunitaire des personnes déjà infectées”, écrivaient alors les experts en charge de conseiller le gouvernement français sur le coronavirus. “Ces données épidémiologiques doivent inciter à la prudence, mais demandent à être confirmées à moyen terme”, indiquaient encore les scientifiques. L’Inserm a pour sa part résumé l’état des connaissances sur le variant anglais dans un communiqué le 11 janvier, avec le même verdict : “les données cliniques recueillies jusqu’ici confirmeraient que ce variant possède une capacité accrue de transmission (de 50 à 70% supérieure aux SARS-Cov-2 ‘classiques’) sans modification significative de sa virulence”, abondaient alors les chercheurs.Des variants plus contagieux mais pas plus grave ? La réponse à cette question est complexe. Plusieurs épidémiologistes, dont le très reconnu Adam Kucharski, au Royaume-Uni, ont estimé qu’un virus plus contagieux pouvait in fine se révéler plus dangereux qu’un virus plus létal. Fin décembre, Adam Kucharski a notamment fait la démonstration mathématique sur son compte Twitter qu’une souche de coronavirus 50% plus transmissible générait plus de décès qu’une souche 50% plus létale. Une analyse reprise par la suite dans de nombreux titres de presse, en Angleterre comme en France. Pour Guillaume Rozier, fondateur de Covid Tracker et interviewé par les Dernières Nouvelles d’Alsace notamment, “c’est pire d’avoir un virus qui se transmet plus vite, qu’un virus plus mortel. Il vaut mieux un virus 50 % plus mortel, qu’un virus 50 % plus transmissible. Cela peut sembler contre-intuitif mais, à moyen terme, un virus plus transmissible causera plus de morts qu’un virus plus mortel”, a-t-il expliqué.Les enfants sont-ils plus touchés par la mutation anglaise ?Une information selon laquelle les enfants seraient davantage touchés par la mutation anglaise du Covid-19 s’est répandue comme une traînée de poudre dès les premiers jours de janvier. Une interview a notamment frappé les esprits le 1er janvier : celui de Laura Duffel, infirmière en chef de l’hôpital King’s College de Londres. Celle-ci a alerté sur la BBC sur la situation sanitaire alarmante de l’établissement, où une “aile entière” aurait été “occupée par des enfants”. L’incidence de la variante du Covid chez les enfants a aussi été analysée par une étude en prépublication de l’Imperial College, dirigée par l’épidémiologiste Neil Ferguson. Celle-ci a conclu, le 31 décembre dernier, que les moins de 19 ans étaient “significativement plus nombreux” à être infectés par la version mutante du virus que par la souche d’origine.Mais ces conclusions ont très vite été nuancées voire démenties par d’autres scientifiques et par les données des autorités sanitaires. Au lendemain du témoignage de Laura Duffel sur la propagation du coronavirus chez les enfants, le Collège royal de pédiatrie et de santé infantile (RCPCH) a publié un communiqué pour contester le tableau dépeint par l’infirmière et pour assurer qu’il n’y avait “pas de pression significative du Covid-19 en pédiatrie au Royaume-Uni”. La Public Health England, agence de santé britannique, a pour sa part indiqué dans un rapport que les admissions à l’hôpital n’avaient pas augmenté en fin d’année, alors même que la nouvelle souche du Covid poussait les autorités à reconfiner le sud du pays (depuis le mercredi 6 janvier, c’est l’ensemble du Royaume-Uni qui est de nouveau confiné).En France, scientifiques et gouvernement restent prudentsEn France, un communiqué publié par plusieurs experts en pédiatrie a réaffirmé que les données britanniques sur les hospitalisations ne reflétaient pas d’augmentation significative pour les plus jeunes. Selon Robert Cohen, président du Conseil national de la pédiatrie, qui s’est exprimé le 3 janvier dans Le Parisien, puis le 4 janvier sur France Inter et enfin sur BFMTV, le variant britannique “est plus contagieux que les autres variants, en revanche il n’est pas plus contagieux chez les enfants que chez les adultes”. “Mais avec cette mutation, comme il est plus contagieux, les jeunes vont contaminer davantage de personnes, que ce soit leur entourage familial, ou à l’école. Il faut donc que l’on se donne plus de moyens pour le détecter, notamment à l’école”, a-t-il ajouté, appelant à “multiplier le nombre de tests” et à “envoyer les prélèvements pour un séquençage, pour voir si ce variant anglais, qu’on n’a jamais encore isolé chez un enfant en France, apparaît”.Même son de cloche du côté de la la Société française de pédiatrie. Dans un article de 20 Minutes daté du 5 janvier, sa présidente Christèle Gras-Le Guen estimait que “la proportion d’enfants positifs par rapport aux adultes” restait “minoritaire” et sans “formes plus graves”. Selon elle, la situation en pédiatrie était même rassurante en début d’année : “alors que d’habitude, on croule sous les grippes et les bronchiolites, cette année, nos services pédiatriques sont vides… “, indiquait-elle. Ce qui ne l’empêchait pas de nuancer : “il faut qu’on reste vigilant, qu’on continue à tester les enfants. Et s’ils sont positifs, qu’on séquence la souche pour voir si c’est ce variant”.Le jeudi 7 janvier sur BFMTV, le ministre de la Santé Olivier Véran s’est aussi montré prudent : “Statistiquement, c’est extrêmement rare que les enfants se contaminent à l’école. Pour le variant anglais, j’ai besoin d’études scientifiques plus étayées. Aujourd’hui, il ne circule pas chez les enfants, donc il n’y a pas lieu d’avoir peur”. Une semaine plus tard, le 14 janvier, en conférence de presse, il estimait néanmoins que le “VOC 2020”, détecté en Angleterre, était “potentiellement plus contagieux et potentiellement plus contagieux chez les enfants”.Les variants du coronavirus circulent-ils en France ?A ce stade, il est apparu que le variant britannique du Covid circulait en France, ainsi que le variant sud-africain, dans une moindre mesure. Aucune information sur la présence des autres variants n’a encore été communiquée. C’est à Tours que le premier cas positif au variant anglais a été détecté, vendredi 25 décembre. Il s’agissait d’un Français, domicilié à Londres, qui était en séjour à Tours depuis le 19 décembre. Depuis, il est apparu que le VOC 202012/01 s’est propagé sur le territoire, très probablement bien avant sa détection. Ce qui a fait dire au président du Conseil scientifique Jean-François Delfraissy, invité de France Info le 13 janvier, qu’il était d’ores et déjà trop tard pour empêcher complètement cette mutation du Covid de circuler dans l’Hexagone. “On ne peut que le ralentir, on ne peut plus bloquer ce variant anglais”, a-t-il assuré, se disant “très préoccupé”.Selon Santé publique France, le variant britannique du Covid représentait 1 à 2% des tests positifs en France début janvier. Dans son dernier point épidémiologique daté du 14 janvier, l’agence de santé dénombrait ainsi “69 cas d’infection à des variants émergents”, dont “66 cas du variant VOC 202012/01 (Royaume-Uni) et 3 cas du variant 501Y.V2 (Afrique du Sud)”. Ces chiffres ayant du retard (patients prélevés entre le 13 décembre 2020 et le 4 janvier 2021), ils impliquent donc que le variant du Covid s’est sans doute propagé de manière plus importante encore dans l’Hexagone depuis les fêtes. Sa propagation serait d’ailleurs rapide. D’après le ministre de la Santé Olivier Véran, qui s’exprimait lors de la grande conférence de presse du gouvernement jeudi 14 janvier, “200 à 300 personnes” seraient chaque jour contaminées en France par cette souche du virus.Une idée des régions de France les plus touchéesLes autorités sanitaires ont lancé dans les premiers jours de janvier une grande enquête nationale baptisée “Flash” dans le but de “faire une première cartographie” de la propagation des variants du Covid. Cette enquête a été proposée “à tous les laboratoires de biologie médicale (LBM) publics et privés par le CNR Virus des infections respiratoires (Laboratoire associé de Lyon, Pr Bruno Lina) et Santé publique France”, indique l’agence de santé française. “L’objectif de cette enquête, conduite les 7 et 8 janvier 2021 en collaboration avec un réseau de virologues hospitaliers coordonné par l’ANRS Maladies Infectieuses Emergentes, était d’identifier, parmi les prélèvements avec résultat de RT-PCR COVID-19 positif, d’éventuels cas d’infection au variant VOC 202012/01 du SARS-CoV-2”.Dans son point du 14 janvier, Santé publique France a rendu publiques les premières données régionales partielles de cette enquête. S’ils sont à prendre avec des pincettes, les résultats préliminaires, portant sur 7454 tests positifs venus de 89 laboratoires, soit un quart des tests positifs au niveau national, indiquent que Bourgogne-Franche Comté, Pays de la Loire et Ile-de-France présenteraient le plus de résultats “discordants”. Ces trois régions affichent respectivement 11,1%, 6,4% et 5,7% de tests “discordants”, alors que ce taux serait nul en Corse et dans les régions Grand Est, Nouvelle Aquitaine et Normandie. Ces données ne sont pas consolidées et les activités de séquençage étaient toujours en cours sur ces échantillons au moment de leur publication. Reste que les disparités semblent déjà importantes entre les régions.Proportion de résultats de RT-PCR discordants, par région du laboratoire préleveur, Enquête Flash, 07-08 janvier 2021, France métropolitaineRégion du laboratoire préleveurRT-PCR discordantes (%)Bourgogne-Franche Comté11,1Pays de la Loire6,4Île-de-France5,7Provence-Alpes-Côte d’Azur4,6Centre-Val de Loire4,1Auvergne-Rhône-Alpes3,2Occitanie2,9Hauts de France1,9Bretagne0,9Corse0Grand Est0Nouvelle Aquitaine0Normandie0France (non attribuable) **0,9Total France métropolitaine3,8Dans les territoires, une surveillance accrue a aussi été mise en place pour évaluer la propagation des variants du Covid : alors que Roubaix a conclu le samedi 16 janvier une vaste campagne de dépistage d’une semaine pour retrouver la souche anglaise, l’Ile-de-France a démarré sa propre campagne le même jour dans plusieurs villes de la région, après qu’un cas positif au variant sud-africain a été détecté dans le Val-de-Marne. Des tests seront également déployés dans les établissements scolaires, où le protocole sanitaire a aussi été renforcé. Il n’est pas prévu en revanche pour le moment de fermeture des écoles.L’inquiétude des autorités françaisesPreuve que la découverte du variant anglais du coronavirus préoccupe au sommet de l’Etat, la France a choisi de fermer sa frontière aux déplacements avec le Royaume-Uni pour 48 heures dès le dimanche 20 décembre, afin de se prémunir au maximum d’une contamination sur son sol. Une reprise limitée du flux des personnes du Royaume-Uni vers la France a toutefois été annoncée à l’issue de ces 48 heures. Depuis le 23 décembre, les Français, les ressortissants de l’Espace européen et les ressortissants britanniques ou de pays tiers qui, soit résident habituellement en France, dans l’Union européenne ou dans l’Espace européen, soit doivent effectuer des déplacements indispensables, sont autorisés à revenir en France. “Seules certaines catégories de personnes sont autorisées à se déplacer vers la France ou à y transiter depuis le Royaume-Uni, munies d’une attestation de déplacement”, a indiqué Beauvau dans communiqué. Par ailleurs, toute personne souhaitant rejoindre l’Hexagone doit également se munir d’un test PCR négatif de moins de 72 heures.Dès le 21 décembre, Emmanuel Macron a qualifié la mutation du virus comme “problématique”. “On doit redoubler de vigilance. Tout cela montre la complexité du virus, son agressivité, oserais-je dire son inventivité et l’humilité qu’il nous faut toujours avoir”, a-t-il déclaré durant une réunion de crise. En conférence de presse le jeudi 7 janvier, le ministre de la Santé Olivier Véran a assuré que “tous les labos” étaient “mobilisés pour traquer le variant”. “Nous nous attendons à en identifier davantage”, a d’ores et déjà prévenu le ministre qui promet que “toutes les mesures qui s’imposeront” seront prises “si ces variants devaient s’avérer diffusés sur le territoire national”. Sur BFMTV quelques heures plus tard, Olivier Véran avait expliqué que les services traitaient ce variant “presque comme un virus différent” qui ‘donne les mêmes symptômes, ne donne pas plus souvent de cas graves que le virus qu’on connaît, mais est plus contagieux”. Jugeant la nouvelle souche “extrêmement rapide”, il a montré inquiétude et détermination : “Je ne vous cache pas mon inquiétude sur le variant anglais”, a-t-il avoué, avant de conclure : “Nous ne voulons pas que ce virus commence à se diffuser sur le territoire”.”Nous faisons tout pour empêcher le variant de rentrer et de se diffuser sur le territoire”, a encore insisté Olivier Véran, sur Europe 1, le 10 janvier. Évoquant les situations de l’Écosse et de l’Angleterre, reconfinés, le ministre a déclaré qu’il ne voulait pas “que nous vivions cela en France”. “Nous devons tout faire pour éviter qu’elle ne progresse rapidement et qu’elle devienne la souche dominante”, a encore martelé Olivier Véran lors de la conférence de presse du 14 janvier.Un variant dominant en France en mars 2021 ?D’après plusieurs scientifiques, la part du variant du Covid dans l’ensemble des tests positifs réalisés en France chaque jour pourrait rapidement franchir les 50%. Une étude de l’Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm), publiée sur le site de son laboratoire EPIcx lab (Epidemics in complex environments) le 19 janvier, a modélisé l’évolution du Covid en France en y intégrant l’impact du variant britannique (VOC-202012/01). Les chercheurs de l’Inserm estiment que ce dernier pourrait devenir dominant entre fin février et mi-mars et provoquer un nouveau pic d’hospitalisations dans le pays. Interrogée par Le Monde le 16 janvier, l’épidémiologiste Vittoria Colizza, signataire de l’étude, avait déjà alerté sur l’aggravation prochaine de la situation épidémique. “La situation va rapidement devenir assez critique. Etant donné que ce variant est plus contagieux, il pourrait devenir dominant dès le mois de mars”, avertissait la directrice de recherche à l’Inserm.Sur la base de sa présence actuelle (environ 1 % des cas) et selon plusieurs scénarios (transmission 40% ou 70% plus élevée que la souche dominante), le nombre de cas du variant britannique atteindrait 3752 ou 26 394 par jour au 1er mars, a pour sa part estimé une équipe de l’Institut Pasteur pilotée par Simon Cauchemez, épidémiologiste et membre du conseil scientifique. Ces chiffres ont été dévoilés par l’AFP le 19 janvier.Arnaud Fontanet, épidémiologiste et membre du Conseil scientifique, a prédit lui aussi une “poussée” de l’épidémie probable en mars dans Le Parisien mi-janvier. Le Pr Yazdan Yazdanpanah, chef des maladies infectieuses à l’hôpital Bichat (AP-HP), estimait au même moment que le variant britannique pourrait devenir prédominant “en mars-avril” sur BFMTV. Mais la circulation de cette nouvelle souche du Covid en France sera en tout cas difficile à évaluer avec précision. Samuel Alizon, chercheur au CNRS et spécialiste de la modélisation des maladies infectieuses a indiqué fin 2020 dans Libération que la France était un mauvais élève dans le séquençage de la maladie. “La France a partagé environ 2 500 séquences contre 123 000 pour le Royaume-Uni”, expliquait-il alors dans le quotidien.Les masques sont-ils moins efficaces contre les variants du Covid ?Face aux variants du coronavirus qui ont commencé à circuler le France, un nouveau débat s’est installé mi-janvier : celui de l’efficacité de certains masques face à ces nouvelles souches. C’est le Haut conseil de la santé publique (HCSP) qui a mis cette question sur le tapis en mettant indirectement en cause certains masques en tissu pas assez filtrants. “A l’occasion de la pénétration en Europe de certains nouveaux variants (…), se pose la question de la catégorie des masques que l’on peut proposer dans la population générale”, a ainsi déclaré sur BFMTV Didier Lepelletier, un responsable du HCSP lundi 18 janvier au soir. Il vaut mieux “porter un masque en tissu réutilisable de catégorie 1 plutôt que des masques de catégorie 2 qui filtrent un petit peu moins bien, voire des masques fabriqués de manière artisanale”, a-t-il ajouté après la fuite dans la presse d’éléments d’un avis du HCSP dont l’AFP s’est fait l’écho. Ces recommandations, “élaborées […] à la demande du ministère de la Santé, qui peut les suivre ou non”, n’ont pas encore été rendues publiques. Interrogé par l’AFP, Franck Chauvin, président du HCSP a indiqué qu’il n’était pas en mesure de dire quand l’avis sera accessible, indiquant seulement qu’il portait “sur les mesures à prendre face aux nouveaux variants”.Le ministre de la Santé Olivier Véran a néanmoins tenté de faire le point avec une parole officielle le mardi 19 janvier, sur France Inter. “La quasi-totalité des masques industriels en tissu reste valable contre le Covid-19, au contraire des masques artisanaux qui ne filtrent pas suffisamment”, a-t-il indiqué. “Tous les masques dont le pouvoir filtrant est supérieur à 90%” restent valables a-t-il martelé. Il s’agit bien des masques grand public de niveau 1, à l’inverse des masques artisanaux fabriqués à la maison selon des normes Afnor, publiées au printemps dernier. Ces derniers, introduits fin mars comme une alternative grand public aux masques médicaux (chirurgicaux ou FFP2 qui manquaient alors cruellement), n’offriraient “pas nécessairement toutes les garanties nécessaires pour le Haut conseil de la santé publique”.L’impact du variant du Covid sur l’adoption des masques rappelle qu’après avoir longtemps répété, sur fond de pénurie, que les masques étaient inutiles pour la population générale, le gouvernement avait fait volte-face fin mars. Une note officielle, datée du 29 mars 2020, avait alors été publiée pour établir des catégories de masques industriels en tissu : les masques de catégorie 1 (ou UNS1, pour “usage non sanitaire 1”), filtrant 90% des particules et les masques de catégorie 2 (UNS2), filtrant 70% des particules, selon des normes élaborées par l’Afnor. Les fabricants sont depuis tenus de mentionner ces informations sur les emballages, mais avec l’émergence du variant du Covid, c’est un nouveau doute qui s’installe désormais. Certains masques industriels vendus dans le commerce et pas toujours clairement étiquetés seraient de catégorie 2, comme l’a récemment indiqué l’AFP.Le vaccin est-il moins efficace face à ces mutations du Covid ?Il est très vraisemblable que les vaccins, déjà utilisées ou sur le point de l’être, soient efficaces, au moins contre le variant VOC-202012/01 (anglais) du coronavirus. Les vaccins à ARN, dont le Pfizer-BioNTech déployé en France depuis le dimanche 27 décembre, resteraient efficaces sur cette souche. Dans un communiqué publié le vendredi 8 janvier, le groupe Pfizer a annoncé que son vaccin, développé avec BioNTech, pouvait d’ores et déjà “neutraliser” les variants britannique et sud-africain du Covid-19. Le PDG du laboratoire BioNtech, qui a mis au point le principal vaccin avec Pfizer, a par ailleurs assuré dès la fin décembre que son groupe sera capable de fournir un nouveau vaccin “en six semaines” en cas de mutation significative du Covid.Deux études préliminaires, mises en ligne le mercredi 20 janvier 2021 et non encore évaluées par d’autres scientifiques, ont elles aussi conclu que le vaccin de BioNTech/Pfizer semblait efficace contre le variant anglais. L’une d’elle, en prépublication sur le site BioRxiv, est issue de travaux préliminaires d’une équipe de chercheurs de BioNTech/Pfizer. Celle-ci a comparé l’effet du plasma de 16 participants à ses essais cliniques sur le variant anglais et sur le virus originel de Wuhan. Ils concluent à une capacité de neutralisation “équivalente” pour les deux et estiment ainsi qu’il est “improbable” que le variant anglais “échappe à la protection” de leur vaccin. Le cas échéant, ils soulignent eux aussi que la “flexibilité” de la technologie de ce vaccin à ARN messager permettrait d’adapter le vaccin à une nouvelle souche du virus.”Nos résultats suggèrent que la majorité des réponses vaccinales devraient être efficaces contre le variant B.1.1.7″, a aussi écrit le même jour une équipe internationale de chercheurs d’universités britanniques et néerlandaises, citée par l’AFP. Pour évaluer l’efficacité du vaccin, les chercheurs ont cette fois confronté en laboratoire le variant anglais au plasma de 36 patients guéris après avoir subi des formes graves ou plus légères du Covid-19. “La majorité des échantillons” a été capable de “neutraliser” le variant, même si la “puissance” de neutralisation a été réduite dans 3 des échantillons.Les souches sud-africaine et brésilienne en questionLes doutes émergent néanmoins au fur et à mesure des découvertes sur ces variants. Les souches sud-africaine et brésilienne sont à ce titre très préoccupantes car susceptibles d’avoir muté plus en profondeur. Dans leurs études rassurantes, BioNTech et Pfizer ont principalement basé leurs analyses sur la mutation N501Y, mais pas sur E484K, propre à ces deux souches. Or la mutation E484K serait “la plus inquiétante de toutes” sur le plan de la réponse immunitaire, a indiqué à l’AFP Ravi Gupta, professeur de microbiologie à l’Université de Cambridge. Celle-ci perturberait en effet la détection du virus par les anticorps, ce qui, à terme, pourrait provoquer des réinfections de patients ayant déjà affronté le Covid, ou rendre les vaccins moins efficaces.Dans une étude rendue publique le 28 décembre sur le site BioRxiv, Rino Rappuoli, chercheur chez GlaxoSmithKline (GSK) et son équipe de scientifiques de Sienne, en Italie, ont fait émerger in vitro la mutation E484K. Leurs conclusions : “l’émergence récente au Royaume-Uni et en Afrique du Sud de variantes naturelles présentant des changements similaires suggère que le CoV-2 du SRAS a le potentiel d’échapper à une réponse immunitaire efficace et que des vaccins et des anticorps capables de contrôler les variantes émergentes devraient être développés”.Des travaux réalisés par des chercheurs de Seattle et consultables eux ausi en pré-publication BioRxiv depuis le 4 janvier, indiquent pour leur part que “l”évolution du SARS-CoV-2 pourrait nuire à la reconnaissance du virus […] par les anticorps humains”. E484K y est clairement mentionné comme un puissant brouilleur. “Les lignées émergentes en Afrique du Sud et au Brésil, portant la mutation E484K, auront une sensibilité considérablement réduite à la neutralisation par les anticorps polyclonaux sériques de certains individus”, écrivent encore les scientifiques américains. En résumé, cette mutation “peut aider le virus à contourner la protection immunitaire conférée par une infection antérieure ou par la vaccination”, explique le Pr François Balloux, de l’University College de Londres, cité le 4 janvier par l’organisme britannique Science Media Centre.”L’émergence récente de variantes présentant de multiples mutations partagées en épi suscite des inquiétudes quant à l’évolution convergente vers un nouveau phénotype, potentiellement associé à une propension accrue à la réinfection des individus”, écrivent par ailleurs les auteurs d’une étude parue le 12 janvier dans Virological.org concernant le variant brésilien. Ils suggèrent donc une résistance de cette nouvelle souche aux anticorps et donc, potentiellement, aux vaccins.Une étude de chercheurs sud-africains mise en ligne le 20 janvier va plus loin. Elle conclut que le variant sud-africain dans son ensemble “est largement résistant aux anticorps neutralisants provoqués en réponse à une infection par des souches en circulation précédemment”. Ainsi, le risque de réinfection par ce variant est “important”, souligne l’étude reprise par l’AFP. Et ces données ont des “implications sur l’efficacité des vaccins”, en particulier parce que les vaccins actuels sont “principalement basés sur une réponse immunitaire à la protéine Spike”.La réinfection d’une patiente, rapportée dans une étude menée par des chercheurs brésiliens et datée du 6 janvier, suggère déjà que la réponse immunitaire apportée par une première infection au coronavirus n’a pas été suffisante face à cette mutation E484K. Une étude publiée mi-janvier dans la revue Science semble statistiquement confirmer cette hypothèse : elle indiquait pour sa part qu’en octobre 2020, 76 % des habitants de Manaus avaient développé des anticorps contre le SARS-CoV-2. Ce qui aurait dû normalement les protéger contre une nouvelle vague. Mais la ville est aujourd’hui submergée…Plus le Covid mute, plus il risque de résister aux vaccinsLa mutation E484K, observée sur les variants sud-africain et brésilien, “pourrait être le début des problèmes” pour les vaccins, a pour sa part répété le Pr Gupta mi-janvier. “A ce stade, ils devraient tous rester efficaces, mais ce qui nous inquiète, c’est la perspective de futures mutations qui s’ajouteraient” à celles qu’on observe déjà, a-t-il déclaré à l’AFP, appelant à “vacciner le plus vite possible partout dans le monde”. Sur la BBC dès le mois de décembre 2020 il estimait déjà que “si nous laissons de virus muter davantage, alors nous pouvons commencer à nous inquiéter”. Selon ce professeur qui travaille sur les mutations virales, le SARS-CoV-2 est “potentiellement sur le point de sortir du cadre du vaccin” et a même “fait quelques premiers pas dans cette direction”.Le professeur David Robertson, de l’université de Glasgow, a pour sa part indiqué que le coronavirus sera à l’avenir “probablement capable de générer des mutations qui contournent le vaccin”. Un scénario que n’a pas écarté Moncef Slaoui, le conseiller principal du programme américain de vaccination, pour qui “il est impossible d’exclure qu’un jour, quelque part, un virus parvienne à échapper à la réponse protectrice provoquée par le vaccin”.Optimisme prudent en FranceEn France, les perspectives optimistes sur le variant anglais, le variant présent sur le territoire, semblent pour l’instant partagées par les scientifiques et les autorités sanitaires. “En terme de vaccination, il n’y a pas trop de différence […]. Les vaccins tels qu’ils ont été produits devraient nous protéger”, assurait sur RTL dès le 22 décembre Bruno Lina, membre du Conseil scientifique et professeur de virologie au CHU de Lyon. Et d’ajouter qu’en cas d’altération, les scientifiques pourront réagir rapidement : “On pourrait faire exactement comme pour les vaccins contre la grippe en changeant une partie de la formule. Ce n’est pas très compliqué à faire”. Une analyse partagée par le Professeur Benjamin Davido, infectiologue à l’hôpital Raymond Poincaré de Garches et référent vaccin Covid-19, qui s’est exprimé auprès d’Europe 1. “Nous n’avons pas de raison de penser que cela pourrait modifier la réponse à la vaccination, car il ne s’agit pas d’une mutation de l’ensemble de la cible du vaccin. C’est seulement une petite partie. Mais on peut imaginer que l’on passe d’un vaccin d’une efficacité de 95% à une efficacité de 85%”, a-t-il déclaré. D’après les modèles développés sur certains animaux, les nouvelles souches du Sars-CoV-2 n’empêcheraient pas l’action des anticorps, a de son côté souligné Le Figaro. “Même si vous baissez en efficacité, vous allez normalement toujours avoir une neutralisation du virus”, indiquait encore mi-janvier à l’AFP Vincent Enouf, du Centre national de référence des virus respiratoires de l’Institut Pasteur à Paris.Dans leur avis du 29 décembre portant sur le variant anglais, les membres du Conseil scientifique écartaient alors tout “risque de réinfection” d’une personne ayant déjà eu le coronavirus (“les premières données montrent que des sérums issus de patients ayant fait un COVID avec une autre souche peuvent neutraliser le clone anglais in vitro”). “Le faible nombre de réinfections identifiées ne permet pas de tirer de conclusions sur l’efficacité de la réponse immunitaire croisée entre ce variant et les virus précédents”, indiquait pour sa part l’Inserm dans un communiqué publié le 11 janvier. “Les mutations de la protéine Spike ne modifieraient pas de façon majeure sa capacité à être reconnu par le système immunitaire ; les vaccins distribués actuellement resteraient donc efficaces”.Le ministre français de la Santé Olivier Véran a fait savoir lui-aussi qu’a priori, “il n’y a pas de raison de penser que le vaccin soit moins efficace” sur le variant britannique. Un avis prudemment répété en conférence de presse le 14 janvier. Il suit sur ce point l’avis de l’OMS qui considère pour le moment que cette mutation devrait bien être stoppée par les campagnes de vaccination. Mais si le variant anglais fait l’objet d’analyses rassurantes, c’est bien la prudence qui domine pour les autres souches. “On ne sait pas encore si les vaccins jouent un rôle sur la transmission” du variant sud-africain, a ainsi prévenu Jean-François Delfraissy sur France Info le 13 janvier.



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Publish date : 2021-01-21 08:49:00

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